NCBI Gene Downloader

在设计FISH探针或者基因编辑的时候,我们需要将基因在基因组中的序列下载下来,而且通常需要将其上下游的部分基因同时下载。通常的流程是在NCBI中找到基因的位置后,计算上下游的要同时下载的序列位置,再更新输入的信息。虽然计算不复杂,但是当你的实验涉及多个基因时,这将花费很多时间。这个小工具就是为解决这一问题而生。输入基因位置以及你想包含的上下游基因长度,就能得到该基因的GeneBank文件。

比如说,我需要下载 TGFB1 基因以及其上游10kb的序列并用来设计FISH探针。首先我在NCBI Gene数据库中找到TGFB1的location是 NC_000019.9 (41836228..41859827, complement) , 接着,我将复制的NC_000019.9 (41836228..41859827, complement)粘贴到该程序提示输入的位置,最后输入要包括上下游需要的序列长度。 这样,我就得到了TGFB1 以及其上游10kb序列的GeneBank 文件。

使用方法:
1. 在 NCBI Gene 中找到基因位置,如下图。并复制该位置信息。

2. 输入要保存的文件名。

3. 输入要囊括的上下游长度

4. 直接在提示的链接中浏览、下载该基因及其上下游信息,或者按回车让该程序下载信息并存为GeneBank文件。注意,下载过多可能会受到NCBI屏蔽,所以先提供浏览链接,可在浏览链接中手动下载,也可让程序自己下载。

For example:
      1. I copied "NC_000019.9 (41836228..41859827, complement)"
      2. Then I paste it on the "location" prompt line.
      3. If I want to expand the selected gene range, I will type the base number then.
      4. Waite a second, the .gb file will be saved.

Download

Executable File:

https://github.com/Masterchiefm/oters/releases/download/NCBI_Gene_Downloader/NCBI.Gene.Downloader.exe

Source Code:

https://raw.githubusercontent.com/Masterchiefm/oters/master/NCBI%20Gene%20Downloader.py